Выбор нужно делать, исходя из того, какой у Вас котел. Из ее экономичности в эксплуатации, применительно к Вашему типу котла.

Ведь система делается Вами не на один месяц. И ее экономичность, это сэкономленные деньги каждый месяц и каждый отопительный сезон. Ведь за отопительный сезон можно сэкономить несколько десятков тысяч рублей на оплате за топливо. 

Двухтрубная система будет экономичней для современного настенного или напольного котла со «встречными» потоками (теплоносителя и продуктов сгорания). (Более подробное описание «встречных» и «попутных» котлов смотрите в теме - http://master-otoplenie.ru/otoplenie/vybor-kotla/17-kak-vybrat-kotel.html). Ко «встречным» котлам относятся энергозависимые котлы, т.е те, которые не могут работать без электроэнергии. У таких котлов входные-выходные патрубки имеют обычно диаметр 3/4" (ду20мм). 

Однотрубная система будет экономичней для котлов старого образца (типа АОГВ) и для твердотопливных котлов. Т.е. для «попутных» котлов. (Более подробное описание «встречных» и «попутных» котлов смотрите в теме - http://master-otoplenie.ru/otoplenie/vybor-kotla/17-kak-vybrat-kotel.html). К «попутным» котлам относятся энергоНЕзависимые котлы, т.е. те, которые могут работать и без наличия электроэнергии. У таких котлов входные-выходные патрубки имеют обычно диаметр не менее, чем 1_1/2"(полтора дюйма) (ду40мм). 

Но, если у Вас в качестве топлива может быть использовано только твердое топливо (уголь, дрова), только тогда Вам придется (имеет смысл) использовать «попутный» котел. 

«Встречные» котлы, как раз и стали изготавливать более массово, по причине того, что они потребляют меньше топлива, но к сожалению энергозависимы, и не могут использовать твердое топливо. 

Если же у Вас в качестве топлива используется магистральный газ, то используя «попутный» энергонезависимый котел, Вам придется за энергонезависимость расплачиваться более высоким расходом топлива. Тут стоит подумать, что дешевле и легче для Вас. Решить вопрос энергонезависимости с помощью приобретения источника бесперебойного питания (ИБП двойного преобразования, он же «онлайновый»).
  Или же переплачивать за неэкономно потраченное топливо. Что для Вас выгоднее, можно решить проведя энергоаудит, т.е. сделав расчеты. Бывает, что стоимость онлайнового ИБП, окупается менее, чем за один сезон. Но, конечно, это зависит от величины отапливаемых площадей дома. Уверенно же, можно сказать, что приобретение ИБП становиться выгодным, для дома с отапливаемой площадью более 160 кв.метров. 

Теперь сначала рассмотрим работу двухтрубной системы отопления.

 Принцип ее экономной и энергоэффективной работы постараюсь для неспециалиста объяснить на образном примере. 

Наша задача, чтобы доставить теплоэнергию от котла и комфортным и экономным нам образом распределить эту теплоэнергию по нашим помещениям дома.
Представьте, что котел (генератор энергии) – это экскаватор, добывающий уголь из карьера. Теплоноситель, которым может быть и вода и антифриз – это карьерные самосвалы везущие уголь на крупную ТЭЦ. Емкость самосвала – это количество теплоэнергии запасенное в теплоносителе. А привезенный на ТЭЦ уголь должен правильно распределяться и подаваться в топки непрерывно в нужном количестве и равномерно между топками. Теперь представьте, что эти топки – это наши радиаторы в системе отопления. 

Теперь представьте, что эти карьерные самосвалы, не будут успевать разгружаться на ТЭЦ у топок полностью, а только на 15%. А остальной уголь снова везти в карьер, и там дозагружаться, и так по кругу. Это равносильно принципу работы однотрубной системы отопления, при охлаждении теплоносителя за один круг, например на 3 градуса.

 Сразу становиться понятно, что такой принцип работы неэкономен и неэффективен. Для эффективной работы, нужно, разгружать эти самосвалы по возможности полностью. Вот как раз применительно к системе отопления, нужно по возможности передавать эту энергию из теплоносителя в топки ТЭЦ (радиаторы отопления), а не «везти» её обратно в карьер (возвращать в котел). Получается, что нужно для более полной разгрузки «самосвалов», дать возможность радиаторам (топкам), успеть передать привезенное для них тепло (уголь) в помещения. Таким образом, если рассчитать график движения «самосвалов» более правильно, мы сможем за один круг движения теплоносителя, обеспечить его остывание, например на 20 градусов. Что будет равносильно разгрузке наших «самосвалов», уже не на 15%, а уже на 75%.

Также и работу «топок» (радиаторов) нам нужно организовать так, чтобы они отдавали тепла в помещения ровно столько, сколько нужно. Ни больше (будет жарко), ни меньше (будет холодно). Получается, что нам нужно так организовать работу «самосвалов» (теплоносителя), чтобы уголь к топкам (радиаторам) подавался строго непрерывно, но в то же время только в необходимом объеме. Ведь если «угля» будет не хватать, то мы будем замерзать. Если же «угля» будет привозиться к «топкам» (радиаторам) слишком много, нам будет очень жарко (откроем форточки и выбросим «уголь» из «самосвалов» на помойку). Или же наши «самосвалы» поедут обратно в карьер (котел) толком не разгруженными (систему отопления не сбалансировали и не отрегулировали).

Именно задачи такого правильного, экономного и энергоэффективного функционирования нашей системы отопления (угольного карьера и ТЭЦ) и должны решаться еще на стадии проектирования системы отопления. За счет применения рассчитанных диаметров трубопроводов, марки и артикула регулирующее-запорной арматуры, за счет изначально рассчитанного охлаждения теплоносителя в каждом отдельно взятом радиаторе.

 Теперь рассмотрим работу однотрубной системы отопления.

Опишу ее работу также на образном примере. Представьте, что система отопления это столовая, где нужно быстро накормить несколько тысяч человек. И если в двухтрубной системе, для каждого человека пищу накладывают в индивидуальные тарелки (и каждый человек выбирает столько, сколько ему нужно), то в однотрубной системе, пища двигается по кольцу по быстро движущемуся конвейеру, и стоящие рядом с этим конвейером люди, выхватывают куски пищи с этой быстро движущейся ленты. А на раздаточной на высвобождающееся место работники столовой стараются успеть положить новые куски пищи.

Понятно, что картина не очень привлекательная. Но при использовании энергонезависимых «попутных» котлов, приходиться применять именно эту схему «общественного питания». Так как именно в случае применения «попутных» котлов, такая схема получается более эффективная (хоть и неприглядная) по расходу топлива.

Несмотря на трудность обеспечения питания «с конвейера» в нужном объеме и за заданное время в однотрубных системах отопления, в последние десятилетия была разработана специальная арматура подключения радиаторов к такой системе. Которая, позволяет обеспечить каждый радиатор нужным количеством тепла. И сделать автоподдержание заданной температуры отопления в каждом отдельном помещении по-разному. Ведь отоплении всех помещений одинаково и с перегревом – это Ваши деньги за топливо, выброшенные на ветер. Если нужно отапливать санузел до 25 градусов, то зачем отапливать помещения, в которых не находятся постоянно люди до такой же температуры? В прихожих, котельных, кладовках и прочих подобных вспомогательных помещениях вполне можно держать температуру и 18 и 16 градусов, и даже по желанию ниже. Такую современную арматуру называют арматурой для однотрубных систем отопления.

Жаль только, что в нашем постсоветском пространстве, менталитет многих отопленцев остался в 70-х годах прошлого века. И они до сих пор на однотрубных системах применяют «ленинградочное» подключение. Которое приемлемо работало только с чугунными радиаторами, и себя давно изжило по своей энергонеэффективности и некомфортности (невозможности экономить энергию за счет автоподдержания заданной температуры в каждом отдельном помещении по-разному). Но, к сожалению, и сейчас чуть ли не в подавляющем числе систем можно видеть, что такую схему применяют даже используя биметаллические и панельные радиаторы. Что уже не только энергоНЕэффективно, но еще и крайне расточительно, так как современные радиаторы просто не могут нормально функционировать при таком неграмотном подключении. Вот примеры такого головотяпства.